Die Wahl der Biopsiestelle hat für die direkte Immunfluoreszenz große Bedeutung. In der Regel sollten die Proben aus periläsionaler Haut stammen. Ausnahmen sind der diskoide Lupus erythematosus, bei dem läsionale Haut biopsiert werden sollte, der Pemphigus vulgaris, bei dem die Biopsie am besten an der vorderen Wangenschleimhaut erfolgt, und die Dermatitis herpetiformis, bei der die Ergebnisse am besten sind, wenn die Probe aus gesunder Haut abseits von Effloreszenzen stammt.