Gewebeproben werden in schmale Scheiben zerlegt, entwässert, in Paraffinblöcke eingebettet und am Mikrotom geschnitten. Die nur etwa 4 μm dicken Schnitte werden routinemäßig mit Hämatoxylin und Eosin gefärbt. Für besondere Fragestellungen werden weitere histochemische Färbungen durchgeführt (z.B. PAS-Färbung zum Nachweis von Pilzelementen). Mittels der Routinehistologie lassen sich die meisten Diagnosen stellen.
Alle Schnitte und Paraffinblöcke werden für 10 Jahre aufbewahrt, sodass weitere Untersuchungen am Gewebe während dieses Zeitraums möglich ist.
