Im Labor werden die eingesandten Gewebeproben ausgepackt und den Begleitscheinen mit Patientendaten zugeordnet. Letztere werden mit einem Barcode versehen. Die Gewebeproben werden anschließend mit dem Skalpell in schmale Scheiben geteilt und in vornummerierte Kapseln gegeben, die verschlossen in den Gewebeaufbereitungsautomaten gelangen, um entwässert zu werden. Anschließend werden die Gewebeproben den Kapseln entnommen und in Paraffin eingebettet, was wegen des notwendigen orthograden Anschnitts große Sorgfalt erfordert.