Bei der Diagnose melanozytärer Tumore kommt der Architektur der Läsion größere Bedeutung zu als der Zytologie. Obwohl die Zytologie in Einzelfällen entscheidend sein kann, weisen viele Melanome gerade in Frühstadien nur minimale Kernatypien auf, während melanozytäre Naevi mit ausgeprägten Kernatypien einhergehen können. Deshalb sind Kriterien wie der Durchmesser einer Läsion, ihre Begrenzung und Symmetrie sowie die Verteilung der Melanozyten in der Regel wichtiger.

 Diese Kriterien lassen sich in Teilbiopsaten nicht oder nur eingeschränkt beurteilen. Aber auch bei vollständiger Entfernung ist dies nicht möglich, wenn der Abstand zum Schnittrand zu gering ist. Im Unterschied zu epithelialen Tumoren, deren Zellen Desmosomen aufweisen und daher kompakte Zellverbände ausbilden, sind Melanozyten entwicklungsgeschichtlich „Wanderzellen“ und melanozytäre Tumore daher oft unscharf begrenzt. Wenn die Melanozytenproliferation dicht an einen Schnittrand heranreicht, ist nicht einzuschätzen, ob und wie sich der Tumor jenseits des Schnittrandes fortsetzen würde. Daher sollten bei der diagnostischen Exzision eines melanozytären Tumors möglichst ein Seitenabstand von 1 mm eingehalten und bei jeder knappen Exzision die klinische Größe des Tumors angegeben werden.